Två organisationer organiserar världsmästerskap mellan 1993-2006
1993 vinner Nigel Short kandidatturneringen och kvalificerar sig till följande VM-match mot Garry Kasparov. Fides regler säger att spelarna och Fide tillsammans ska komma överens om spelplats men dåvarande Fide-presidenten Florencio Campomanes, bröt dessa regler, enligt Short och Kasparov, och bestämde att matchen skulle spelas i Manchester, England.
Detta resulterade i att Short och Kasparov bildade Professional Chess Association, PCA och utnämnde Bob Rice till PCA-president. Före matchen hade Kasparov och Short också klagat på att FIDE både var korrumperat och oprofessionellt styrt. Matchen spelades i London på Savoy Theatre, sponsrade av The Times under den nya organisationen.
Kasparov vann matchen med 12,5-7,5 och blev därmed PCA-världsmästare. Fide tog ifrån Kasparov sin världsmästartitel och arrangerade en ny VM-match mellan Karpov och Timman, en match som Karpov vann och blev därmed ny Fide-världsmästare och för första gången i historien fanns nu två världsmästare. Mellan 1993-96 hölls både FIDE och PCA VM-turneringar där vissa spelare valde antingen den ena eller andra organisationens turnering.
Förhandlingar inleddes om att genomföra en återföreningsmatch 1996-97 mellan Karpov och Kasparov som då var världsmästare i FIDE respektive PCA men förhandlingarna misslyckades. Kort efter 1995 upphörde PCA-organisationen och Kasparov stod utan VM-organisation. Han bildade en ny organisation, World Chess Council, 1998 som då organiserade en kandidatmatch mellan Alexei Shirov och Vladimir Kramnik. Shirov vann matchen men kunde inte komma överens med Kasparov om villkoren för VM-matchen så Shirov hoppade av utmaningen.
Förhandlingar mellan Kasparov och Anand påbörjades för en VM-match 1999 eller 2000, men även dessa förhandlingar bröt samman. I stället fick Kramnik chansen och i slutet av året spelades matchen i London, känd som ”Braingames World Chess Championships”. Matchen avgjordes i bäst av 16 partier. Kramnik vinner matchen och blir därmed Classical World Champion genom att vinna 2 partier, spela 13 remier och ingen förlust.
Under tiden har FIIDE bestämt att skrota Interzon- och kandidatturneringarna och i stället införa en stor utslagsturnering med kortade speltider som skulle spelas under endast några få veckor. Kasparov och Kramnik vägrade delta i dessa turneringar. I den första turneringen var Karpov seedad till finalspel men därefter skulle alla spelare kvala till finalspel.
Karpov försvarade sin titel i det första mästerskapet 1998 men därefter avsade han sig sin titel och hoppade av kommande turneringar på grund av sitt missnöje med de nya reglerna. I stället vinner Alexander Khalifman FIDES VM-match 1999, Anand vinner 2000, Ruslan Ponomariov vinner 2002 och Rustam Kasimdzhanov vinner 2004.
Under 2002 hade Kasparov högst rating i världen då han vann en rad stora turneringar efter sin förlust mot Kramnik i VM-matchen 2000, vilket ökade osäkerheten om vem som egentligen var världens bästa spelare. Amerikanen Yasser Seirawan tog tag i problemet och ledde en arbetsgrupp som kom att kallas för ”Prag-överenskommelsen” i syfte att återförena världsmästerskapet. Kramnik organiserade en kandidatturnering (i Classical World Chess Championship regi) där vinnaren skulle få utmana Kramnik.
Kandidatturnering vanns av Peter Leko 2002. Det hade också bestämts att Kasparov skulle spela mot Ponomariov i FIDEs regi där vinnaren sedan skulle möta vinnaren i matchen mellan Kramnik och Leko i en återföreningsmatch om VM-titeln. Av ekonomiska skäl stötte planen på problem. Matchen mellan Kramnik och Leko spelades inte förrän i slutet av 2004. Matchen slutade oavgjort vilket innebar att Kramnik behöll sin titel som Classical World Chess Champion.
FIDE lyckades inte organisera sin match mellan Kasparov och Ponomariov 2002 och inte heller 2004 mellan Kasparov och nya FIDE världsmästaren Kasimdzhanov. Kasparov hoppade av schackspelet i sin frustration över hur detta hanterats, även att han fortfarande var högst rankad i värden. Kort efter detta valde FIDE att byta ut sin utslagsturnering mot en dubbelrond-turnering som skulle avgöras 2005 i Argentina där de 8 bästa spelarna i världen skulle delta.
Kramnik hoppade av turneringen och ville i stället ha en utmanarmatch enligt tidigare mönster. Turneringen vanns av Veselin Topalov och nu började förhandlingar om en ny återföreningsmatch om VM-titeln mellan Topalov och Kramnik.
Och 2006 kom äntligen matchen alla väntat på till stånd. Kramnik som var Classical World Chess Champion mötte Veslin Topalov som var FIDE World Chess Champion. Matchen spelades mellan den 23 september och den 13 oktober i Elista, Ryssland. Kramnik vann matchen efter tiebreake och blev därmed den nya och enda världsmästaren, FIDE World Chess Champion.